El fracaso en la vuelta a Primera causó una crisis institucional y la dimisión de Molins como presidente, siendo sustituido por Pedro Chillida, como nuevo mandatario blanquiazul. En esa coyuntura Molins decidió ocupar el puesto de presidente y comenzó la tarea de reconstruir el equipo partiendo prácticamente de cero. Por primera vez descenderá también el penúltimo clasificado y es precisamente este el puesto en el que acaba el Donostia FC al acabar la campaña, en 11.º lugar. El directorio que en ese momento estaba compuesto por Francisco Rajcevich y Patricio Mekis, fueron quienes llaman a Miguel León, este llegó con la banda a la calle Brasil de la ciudad, luego de largas jornadas y de la aprobación del directorio, a la fecha es el actual himno del club. En julio de 1937, al año de iniciarse la guerra, tres antiguos directivos del Donostia FC, los señores Francisco Molins, José Merino y José María Lobato tomaron la iniciativa de recuperar la actividad del club deportivo y convocaron una junta general a la que tan solo acudió un socio. Al acabar el campeonato la junta directiva del club emitió un comunicado en el que alababa la labor del entrenador y culpaba de los malos resultados a los jugadores.
El Campeonato Regional de aquella temporada fue un completo desastre. Como dato anecdótico, aquella temporada 1940-41 se produjo la mayor goleada conseguida por la Real en partido oficial en su historia, al imponerse el 8 de enero de 1941 por 14:2 al Real Valladolid. Como dato anecdótico esa temporada el entrenador Harry Lowe tuvo que alinearse a sí mismo en un partido en Valencia por baja de última hora por enfermedad de un jugador. En la final Central le ganó a Argentino de Quilmes por 3 a 2 en cancha de GEBA con goles de Antonio Blanco, Federico Flynn, y Harry Hayes sobre el final, y logró el título de campeón. Ello trajo como consecuencia que la gran mayoría de clubes que tuvieron con anterioridad a la instauración de la república el título de real, recuperaran su anterior denominación. Sin embargo, dado que el club siempre había sido conocido popularmente como «La Real» y no «La Sociedad», esta denominación no acabó de cuajar y en una asamblea celebrada el 30 de junio de 1931, ante la obligación de eliminar el nombre de Real, se prefirió cambiar radicalmente el nombre del club que pasó a denominarse Donostia Fútbol Club, tomando para ello el nombre en lengua vasca de la ciudad de San Sebastián.
La Copa de la UEFA dejó un amargo recuerdo entre los aficionados valencianistas, ya que en la primera ronda cayó en la ida por un contundente 1-5 frente al Nápoles entrenado por Claudio Ranieri, con los cinco goles anotados por el delantero uruguayo Daniel Fonseca, nombre difícil de olvidar por el valencianismo desde aquel día. El nuevo régimen político establecido en el país prohibió cualquier tipo de simbología monárquica y ello obligó al club a modificar en sus estatutos su nombre y su escudo; eliminando el título de Real y la corona monárquica del escudo. ↑ «Muricy relembra Expressinho e título de ‘precursora da Sul-Americana’ em 94» (en portugués). Posteriormente perdió el título nacional frente a Alianza Lima, camisetas de futbol 2023 campeón del Torneo Apertura y que también festejaba su centenario ese año. Poco antes de finalizar la guerra, en los primeros meses de 1939, se jugó el Campeonato Regional de Guipúzcoa, ya con carácter oficial, en el que el Donostia FC fue subcampeón y obtuvo su clasificación para el Torneo Nacional de Fútbol, que organizaron las autoridades ganadoras del conflicto en los primeros meses de posguerra y donde el Donostia fue eliminado por el futuro subcampeón, Racing de Ferrol, en cuartos de final.
Durante la temporada 1930-31 Córdoba Racing Club y Real Córdoba Sporting Club compartieron grupo en Segunda Categoría, mientras que otros como el Nacional F. C. y el Córdoba F. C. emplearon el Stadium de América, y disputaron categorías inferiores del fútbol federado. Durante el transcurso de la temporada 1939-40 el club recuperó su denominación tradicional de Real Sociedad. Lowe siguió al frente del equipo durante las siguientes campañas, obteniendo el equipo mejores resultados. Además el equipo donostiarra tuvo también una destacada actuación en la, Copa del Generalísimo de fútbol 1941 en la que eliminó al Real Valladolid y al campeón de Liga, el Atlético Aviación, antes de caer eliminada frente al RCD Español en semifinales. Al frente del equipo como entrenador se encontraba Sebastián Silveti. El histórico centrocampista irunés Patxi Gamborena sustituyó a Silveti como entrenador a media campaña por los malos resultados del equipo, pero no fue capaz de enderezar el rumbo de la nave.