Así se atendió por fin, por parte de la federación, la reclamación histórica de los equipos vascos de no celebrar el campeonato siempre en Madrid, sino en casa del vigente campeón. Sin embargo en enero fue derrotada consecutivamente en casa por Arenas y Racing, poniendo fin a sus posibilidades de ganar el torneo, que finalmente se llevaría el Athletic Club. La Real Sociedad impugnó el resultado del primer partido del torneo, una ronda previa en la que el Athletic había eliminado al Fortuna de Vigo. En este último ascendió a la Liga Latinoamérica (máxima categoría de la región) por primera vez en su corta historia al ganarle a Kaos Latin Gamers (histórico multi-campeón de la región) con un resultado de 3-2 al mejor de 5 partidas. La Real compitió en este torneo a gran nivel. Una victoria a domicilio en Irún (2:4) permitió a los realistas clasificarse para el torneo de Copa. Dado que entre los clubes adscritos a esta nueva federación se encontraba el Irún Sporting Club, la Real tuvo que disputar una eliminatoria previa con los iruneses para determinar el representante guipuzcoano.
Por ello se declaró en rebeldía y apoyado por otros clubes importantes (Madrid FC y Athletic Club) organizó un torneo paralelo en el Campo de Ondarreta en San Sebastián, torneo que años más tarde sería reconocido por la RFEF e incluido en el palmarés de la Copa. La Real Sociedad estrena en 1913 un nuevo campo de fútbol: Atocha y disputa durante esos años el Campeonato del Norte con otros equipos vascos. Cinco meses más tarde, el 11 de febrero de 1910, el rey Alfonso XIII, que era un veraneante habitual de la ciudad, le concedió el título de Real al club recién nacido, que a partir de entonces pasó a ser conocida como la Real o la Real Sociedad. Así unos meses más tarde, el 7 de septiembre de 1909 se constituía legalmente la Sociedad de Foot-Ball de San Sebastián bajo la presidencia de Adolfo Sáenz-Alonso. Este fue el primer club de fútbol formalmente establecido en la ciudad y también el primer club guipuzcoano que participó en un campeonato nacional, al presentarse a la Copa del Rey de Fútbol 1905. Aquel equipo jugaba con unas llamativas camisetas de rayas amarillas y verdes, que un siglo más tarde recuperaría la Real Sociedad como segundo uniforme en homenaje a su directo antecesor durante las temporadas 2007-08 y 2008-09. Este club fue el que inauguró en 1906 el Campo de Fútbol de Ondarreta, primer campo de fútbol que tuvo la ciudad.
La sede de la competición fue el campo de Jolaseta de Guecho (Vizcaya), donde tenía sede el Athletic Club, ganador de la edición del campeonato cismático del año anterior. De cara a esta nueva etapa que implica, por primera vez, la celebración de una competición regular con varios partidos como local cada temporada, la Real se muda a un nuevo campo de fútbol. De hecho la prensa de la época consideraba a Club Ciclista, Real Sociedad y Vasconia como tres caras de la misma institución. Así es como la Real Sociedad nace con un título y un subcampeonato de Copa del Rey en su palmarés, aunque ninguno de los dos hubieran sido bajo su auténtico nombre. Salvando la breve variación de color en 1925 a imitación del Corinthian Football Club como cambio más significativo en la historia de la equipación -consistente en camisa blanca de una tonalidad cruda, y calzones y medias negras y que tras una serie de tropiezos deportivos fue señalada por los miembros del club como portadora de mal augurio-, no se dio el cambio más significativo hasta 1955, año en el que las medias también pasaron a ser blancas. Una genial alfombrilla de ratón con un diseño inspirado en la serie de manga y anime, Seven Deadly Sins.
Sin embargo, la sección de fútbol del Recreation Club tuvo una vida corta. Por disensiones internas, hacia finales de 1907 o comienzos de 1908, los integrantes de la sección de fútbol del club deciden separarse y formar un club independiente. El Deportivo Bilbao ya no estaba en el campeonato y aparecían nuevos clubes; Ariñ Sport de Bilbao, Jolastokieta de San Sebastián y Club Portugalete. Sin embargo este club no podía participar en la Copa del Rey de Fútbol, ya que los estatutos de esta competición exigían que los participantes debían estar legalmente inscritos en el registro civil con un año de antigüedad, requisito que el San Sebastián FC no cumplía. Es así como nace el San Sebastián Foot-Ball Club, segundo hito de esta historia. Se fundó la actual Federación Española de Fútbol, como gesto de reconciliación se reconocieron en el palmarés de Copa los campeonatos cismáticos de 1910 y 1913, se crearon varias federaciones regionales, y se estableció que los campeonatos regionales que se disputasen servirían como fase clasificatoria del Campeonato de España, siendo el campeón de cada campeonato regional, el que acudiría al campeonato nacional (Copa del Rey). En 1913 se crea la RFEF, nacen las federaciones regionales, con sus respectivos campeonatos regionales, que se establecen como fase clasificatoria previa para el Campeonato de España.