Militó la mayoría de fechas en los últimos lugares de la tabla, por lo que Alianza buscó la manera de conseguir el título del siguiente año. El caso Roverano-Vera, terminó de hundir los intereses deportivos de Alianza en esa primera parte del año. A comienzos del año 2003, en la víspera de un nuevo Torneo Apertura, Alianza decidió como veces anteriores apostar nuevamente a sus divisiones menores. De esta forma aumentó la diferencia en el total de Superclásicos jugados a través de la historia del fútbol peruano.68 El título le fue esquivo a Alianza, ya que terminó segundo por detrás de Sporting Cristal.69 Gracias a los buenos resultados en el Torneo Clausura 2003, Alianza se ubicó en la primera casilla de un campeonato que recién había comenzado. En el Apertura, pasaron las fechas y los resultados no eran los esperados. En los Play-Off por el Apertura, perdió uno y empato el otro. Para el Torneo Apertura 2005, Alianza contrató al entrenador argentino Rubén Darío Insúa.73 Luego de jugadas catorce fechas del Apertura, con 15 puntos en la tabla de posiciones y ubicado en la séptima casilla, Insúa dimitió al puesto de Director Técnico de Alianza Lima.74 Wilmar Valencia fue contratado como entrenador por la nueva Comisión de Fútbol.
A esa altura ya era un rumor a voces la posible salida del entrenador uruguayo apenas terminara el torneo. En definitiva, cuando la religión y la ciencia se traen a colación en Madrid Científico, no era necesariamente para señalar un conflicto. De hecho, la historiografía de la Edad de Plata de la ciencia española suele incluir tres elementos de conflicto que se presentan como centrales en los proyectos de desarrollo científico y tecnológico del país: la conocida como “Polémica” de la ciencia española, las reformas educativas y el conflicto ciencia-religión. En 1941, Luis Robledo, un fundador de Santa Fe educado en Inglaterra y fanático del Arsenal, seleccionó los colores principales para su equipo recién creado. De esa manera, el equipo blanquiazul nunca encontró el rumbo y terminó sexto al finalizar el Apertura. La caída ante el Melgar de Arequipa significó que el equipo se concentrara en el objetivo de ubicarse entre los seis primeros del torneo para poder ganarse el derecho de jugar el Play Off ante Sporting Cristal, que a la postre fue el campeón del Torneo Clausura 2004. El derecho lo ganaron en un partido frente a Cienciano en la altura de la ciudad del Cusco, donde en una jugada muy polémica, el mediocampista blanquiazul Aldo Olcese marcó el gol del empate en arco contrario cuando se suponía que debía hacer un movimiento de Fair Play.
En lo que respecta a goles, Alianza Lima logró anotar en 33 oportunidades y tuvo la portería menos vencida, resaltando la figura del arquero íntimo George Forsyth que sólo recibió 13 anotaciones. Durante el 2008, Alianza Lima contó con tres entrenadores.80 Miguel Ángel Arrué siguió dirigiendo al equipo íntimo tanto en la pretemporada como en los primeros partidos del Torneo Apertura. Consiguió muy buenos resultados apenas llegó al club, sacando al equipo del fondo de la tabla hasta ponerlo en una posición expectante. Los malos resultados continuaron bajo su dirección técnica, lo que desembarcó en la contratación del entrenador venezolano Richard Páez, quien dirigió a los blanquiazules hasta la fecha 23 del Torneo Clausura.80 Alianza se encontraba en puestos de descenso, y las últimas fechas sirvieron para definir la suerte del elenco victoriano. En el 2006, de la mano del entrenador uruguayo Gerardo Pelusso, Alianza Lima logró el Torneo Apertura.78 Le sacó 5 puntos de diferencia a Sporting Cristal y 9 a Unión Huaral, sus rivales más complicados en esta primera etapa. Así, avanzó a la siguiente etapa del torneo.63 64 En la siguiente fase, jugó contra el Barcelona de Guayaquil, al cual previa tanda de penales, eliminó logrando así la clasificación a la tercera etapa.65 En esa instancia, derrotaron al Nacional de Uruguay en Matute por la mínima diferencia y en el partido de vuelta en Montevideo, por diferencia de goles no pudo seguir avanzando y quedó eliminado.66 Cabe hacer referencia al número de clásicos ganados por Alianza en el año 2002. En la temporada se jugaron un total de ocho clásicos.
A diferencia de las dos campañas anteriores, el equipo aliancista clasificó a la Copa Libertadores al ganar su grupo respectivo. Lamentablemente para sus intereses, Alianza terminó cuarto por diferencia de goles con Cienciano que terminó tercero. Sin embargo, hubo una caída de rendimiento por parte del equipo y finalmente Cienciano campeonó, por lo que Alianza volvió a jugar un nuevo Play Off, tal como en el año del centenario, frente al cuadro incaico. La decisión fue tomada luego de haber realizado un análisis en donde apreciaron aspectos deportivos, motivacionales y mediáticos.76 En los primeros partidos que dirigió Challe el rendimiento del equipo aliancista se mantuvo regular, equipaciones futbol baratas y luego vino un alza evidente al ganar los últimos cuatro partidos del campeonato.77 El 2005 no fue un buen año para el club íntimo. El entrenador no conocía el medio local y una serie de resultados insostenibles se encargaron de su rápida salida del club íntimo.