Cuando parecía que el equipo desaparecería, el empresario Juan Antonio Hernández trasladó a los Leones de Morelos (anteriormente Zacatepec) para jugar como Querétaro en la Primera A. El equipo fue un protagonista al punto de conquistar el primer título en la historia de la franquicia luego coronarse en el Clausura 2005 ante el Club León, camiseta barcelona aunque no pudo lograr el regreso al máximo circuito al perder la final por el ascenso ante el San Luis.
